Sau khi HBV nhập vào cơ thể, hệ miễn dịch sẽ tạo kháng thể cho từng kháng nguyên của HBV. Một tuần hay một tháng sau khi nhiễm siêu vi trùng, HBsAg xuất hiện trong máu, tiếp theo là HBeAg và kháng thể IgM và IgG cho HBcAg (anti-HBc). Khi HBsAg biến mất, thì kháng thể chống HBsAg (anti-HBs) mới xuất hiện.

      Một khi anti-HBs xuất hiện người bệnh được coi như hồi phục, trở thành miễn nhiễm đối với HBV và không lây bệnh qua người khác được. Một số bệnh nhân không tạo được kháng thể này và tiếp tục mang mầm bệnh HBsAg, sẽ có thể lây cho người khác.

    Kháng thể anti-HBc có hai loại: IgM trong thời kỳ bị nhiễm trùng cấp tính và IgG trong thời kỳ chuyển tiếp. Nếu anti-HBc IgG không hạ xuống và có HBsAg có nghĩa bệnh nhân đang bị dạng viêm gan mạn tính.

       Nếu HBeAg dương tính là dấu hiệu cho thấy virus đang nhân lên mạnh mẽ, bệnh nhân có khả năng lây cao, trường hợp này cần điều trị. Khi thử nghiệm thấy anti-HBe thì có tiên lượng tốt hơn và khả năng lây không nhiều.